乱世之时，熟悉历史的端方深知平素这些驯顺听调的军爷们很可能一夕变脸。为此，端方不惜屈尊俯就，与那些连排级的军官们拈香结拜。途中有士兵抱怨脚痛不能行军，他竟能雇人抬轿扛着这些士兵上路。每有兵士患病，端方的弟弟端锦本人亲入营中，端汤伺药。
本来端方已经是署理四川总督，应该返回成都。但先前他得罪过赵尔丰，心中忐忑。而赵尔丰手下的阴险小人周善培又写信给人，明白表示说赵尔丰一心要报复，这使得端方对于自己的成都之行更加犹豫。而赵尔丰方面，对端方的想法与先前态度正好相反。川地大乱如此，赵尔丰如今只想去做他的原官——“川滇边务大臣”，不断派人殷勤寄语端方，盼望他速回成都。见赵尔丰前后态度如此转变，多疑的端方更觉有诈，怕自己回成都遭到手下握有重兵的赵尔丰宰制。
形势不饶人。武昌起义后，鄂军军人归心似箭，有革命党人田智亮受蜀军政府命令，要他发动新军党人，杀端方起义。
11月26日夜间，鄂军中的党人士兵们在城郊开会，推举三十一标第一营队官陈镇藩为“大汉国民革命军统领”，行动步骤拟定分为三步：第一，杀端方；第二，剪辫；第三，回军援武汉。
由于端方当时有意把属下鄂军带往陕西，士兵们激愤不已。先被清廷调来四川，已经失去首义先机，如今再去陕西，鄂籍士兵自然怒火满胸。
经过与中下级军官的反复商量，本来端方兄弟已经得到了初步允诺：只要能拿出四万两白银做犒赏，军队负责把端方兄弟两人安全送到西安。
不料，由于其中三十一标军人索要现银未果，军士愤怒，扬言说要是标统偏向端方，那么连标统也要杀掉。
军内的革命党人曾广大、陈镇藩趁热打铁，与各级军官经过密议后，决定杀端方起义。本来曾广大觉得端方为人并不贪渎，与湖北各界的关系融洽，主张留他性命，但其余兵将皆反对，认为一定要杀掉端方才能立威。
得知城内军变，端方、端锦兄弟知道大祸临头，相拥痛哭。笔者认为，当时端方的眼泪，更多是为他无辜的弟弟而洒。
端方被杀情形，由于写“回忆录”的人太多，掺杂的水分和误传因素太多，大致整理过后，可勾勒出如下史实轮廓：
端方、端锦兄弟二人，正愁坐屋中，新军士兵涌至，持枪怒目，叱令兄弟二人出门。二人无奈，只得依从。
端方、端锦兄弟被士兵挟至资州城内的天上宫。坐在条凳之上，端方为救自己兄弟性命，心存侥幸，对士兵说：“我原本陶姓汉人，现在想改从原先的汉姓，可以吗？”（这是端方说谎，他乃正宗满洲正白旗人托忒克氏。不过，在十多年前就有传闻，说端方的母亲原本是清朝湖广总督陶澍的婢女，由于和主人私通怀孕，被陶澍的正妻赶出家门，流落在端方家。后来，她被端方之父纳为侧室，生下了端方。本来是“丑闻”的传闻，病急乱投医，被端方拿来当作救命符。）
士兵们摇头：“晚了！”
“我在湖北治军，一路入川，待弟兄们不薄，能否刀下留情？”
有一下级军官应声：“这是大人待我们的私恩，今日之事，原本为报国仇！”
未等端方再言，有士兵叫喊：“端方不要巧言！武昌起义，天下汉儿，必当响应。今日不杀你，我辈就是附逆之人！”一个名叫卢保清的士兵，率先持菜刀冲上，兜头猛砍端方。端锦趋前护兄，被士兵任永生抡起指挥刀，一挥头落。端方在血泊中挣扎，欲揽弟弟的头颅于怀，随之被乱兵砍落了脑袋。
这些入川的湖北新军，之所以如此急切地想杀死端方，无非是想自明心迹，急求摆脱先前入川镇压保路军民的干系。
他们砍落端方、端锦兄弟二人的头颅后，为了“防腐”，把首级浸于两个煤油桶内，在送回湖北的途中一路“展示”，最后交呈黎元洪邀功。
清末大吏达官，手染革命党人血债的人多矣。似乎天道无知，绝大多数人安危无恙，富贵始终。反而开明如端方者，却惨遭野蛮残杀。
作为浸淫汉文化多年的旗人端方，在中国现代史上留下了许多的“第一”：曾创办湖北第一座图书馆，创办中国历史上第一座幼儿园，创建江苏第一座无线电通讯台，首先引用西方电影放映机，最早派女子公费出洋留学，主持了江苏第一次民意选举代表，创办南京最早的官办外语学校，他还是第一个从伯希和手中搜购敦煌文书的清廷学者官吏……
端方，拿了这么多中国近代史上“第一”的开明官员，最后落得如此下场，让后人叹息不已。在他死后，其洋人“把兄弟”福开森（传教士）盗卖了他平生蓄藏的许多古玩，很是发了一大笔横财。而他本人在资州被杀时，身无余财，士兵只从他枕匣中搜出一本旧抄本《红楼梦》。
端方死后，中外友人，甚至是革命党人，同情他的人甚多。其间，以其门人左全孝的祭文和好友张謇的挽联最为哀痛、中肯。左全孝祭文中称：“……瑞澂以压制亡国，赵尔丰以嗜杀毒川，公（指端方）力反二竖之所为，而福寿大不及瑞澂，受祸且烈于（赵）尔丰……依古今之常理，终有信于碧空。公暂屈于一隅，终必伸于大同……”
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