回国后，他奋笔疾书，写下数份言辞恳切的奏折，请慈禧准许立宪。其中最重要的三份如下：《请定国事以安大计折》，陈述立宪必要性，建议预备立宪；《请改定官制以为立宪预备折》，提出八项政改方案，包括内阁制、司法独立等；《请平满汉畛域密折》，指出满汉之间矛盾的潜在危险，建议任官不再分满汉，裁撤各省驻防旗营。
作为立宪派魁首，端方的思想可谓是清政府预备立宪的理论来源，其要旨包括：
首先，端方认为，立宪政体优于专制政体。数十年中，中国积弱，与洋人数战，莫不丧师偿金，割地求和。洋务派求强求富，结果却恰恰相反——求强反而益弱，求富反而益贫。归根结底，还是因为清朝的政治体制大不完善（我们现在的不少历史书，在回顾“洋务运动”的时候，常说他们“变器不变道”。其实，在一百年前，端方对此已经有深刻认识）。他痛心疾首道，为什么专制国家行不通呢？因为它任人不任法。无法可依，官吏可为所欲为，人民受欺压，必定怨恨官吏，最终仇恨导向君主。君位不安，国家必定不稳。如果能实行立宪，任法不任人，官吏都要依法办事，内政可致修明。倘若官吏不肖，自可依照众议，更换大臣，而君主的尊位，却无人能动摇。君安，国必安。从实用主义出发，端方以日俄战争日本胜利为例子，说明了立宪强国的根本所在。
当然，端方不可能从民权和权力制衡的深度品评立宪，时代的局限和个人贵族出身的局限，使他只能从富国强兵的角度谈问题。他指出，在古代，各国不相往来，国穷兵弱，还没什么大危机。当今世界，列强林立，即使我们不与人争，别人也要来此殖民、争地、求利、掠夺。中国泱泱，乃广受外洋垂涎之地，所以，朝廷一定要借立宪而求强，逆水行舟，不进则退。
端方认为，朝廷应该频布《宪法》（与梁启超的国民公议《宪法》不一样，是要求“钦定”《宪法》），而且要能做到立法、行政、司法三权分立。当然，端方虽然天天把孟德斯鸠挂在嘴边，他在推出“三权”后，却一直强调“不可侵犯的君主”的重要性。为了让太后安心，他总是强调皇帝应该作为终裁，皇权可以调停一切，裁决一切。也就是说，皇帝高于人民，行政高于议会和司法。这种思想，仍旧带有中国自古以来浓厚的传统政治色彩。
其次，端方力推“责任内阁制”。也就是说，宪法中规定君主实际责任，首相和大臣代替君主为国事负全责。首相和内阁，皆由皇帝任命，负责实际政务，所以，要裁撤掉在清朝政治生活中一直尾大不掉的军机处。
内阁设立后，对朝廷会有两大好处。第一，由于皇帝不负实际责任，国事搞不好，人民不会怨毒皇帝，到时只不过换易内阁成员，皇帝的地位和威望丝毫不变。第二，内阁责任明确，有职有权，行政效率可大大提高。
因为怕惹起慈禧猜疑，内阁制可能引起的另一面问题，端方没有明讲：内阁和议会，其实可以借口说皇帝意旨不正确，拖延甚至抵制上命。由此发展下去，君主可能变成被架空的“虚君”。
在指出上述两大条“立宪”的宗旨后，端方深思熟虑地认为，在中国，马上实行立宪，时机还不成熟。他认为，中国业已施行数千年的制度，与立宪制度相差甚巨，人民根本无法习惯忽然实行的宪政。所以，端方主张要仿效日本，以十五至二十年为期，先预备立宪，逐次设立内阁，然后一步步推行新政，最后才召集议会。摹仿德国、日本，就是要实施“二元君主制”，从“阶级”划分上讲，就是新兴“资产阶级”要与“封建阶级”分享权力。这个步子如果迈得好，确实可以达成一定的妥协，使一国政治趋向稳定和平衡。
端方的思路和设计，相对来讲，比较保守和稳妥。二元君主制，虽不是非常稳定的政治结构，毕竟可以成为一种平稳的过渡。如果矛盾在过渡中逐渐消融，国家的富强过程，可能就能避免许多不必要的周折和流血。
在清廷最后挣扎的十年间，外面，帝国列强步步逼近；内里，革命风潮迭连涌现。立宪求变，正是清廷想要消弭内忧外患的大“奇方”。作为朝廷里面的“明白人”，端方一直致力研究各国列强。日俄战争中日本的胜利，更让这位满大人大受刺激——小小日本能一举击败老大帝国沙俄，这不就是立宪战胜专制吗？
如果中国立宪成功，自可强国御侮，自可踵随日本之路，走向繁荣和富强。不少偏颇的研究者，过去总爱讲清廷和一些大臣们鼓吹“立宪”是什么“取悦”帝国主义。这完全是出于“阶级分析”的一隅偏见。实行立宪，无论是端方还是康、梁，基本上都是出于爱国的目的。端方作为老谋深算的政治家，在掌管中国税务的英国人赫德年老退休之际，正是他主动上密折，要求清廷趁机收回关税主权和邮政管辖权。
作为大清帝国的臣子，端方当然也是个奉国家利益和安全为至上的国家主义者。国家主义的源流，可以一直追溯到16世纪文艺复兴后的意大利的马基雅维利，国家主义是西方宪政体制、法权体系的一个根本性理论基石。自此以后，西方资本主义的宪政国家制度，就是依靠如下三大支柱：国家主义、民族主义和自然秩序（自然法）。
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