沙定洲抓沐天波心切，杨畏知话说得又极有理，他便在城下与杨畏知杀牛盟誓，舍楚雄不攻，分兵攻屠大理、镇南、蒙化等地，自己率军往永昌追赶沐天波。
杨畏知趁此机会，坚壁清野，发檄四处，做足了备战功夫。
听说禄永命等人纠集土司兵拥保沐天波，沙定洲心慌，不敢进攻永昌，怕杨畏知断其归路，他就提兵回头猛攻楚雄。
杨畏知身先士卒，指挥若定，坐守坚城，沙定洲屡攻不下，反被守军杀伤不少。打了八个多月，楚雄巍然屹立，仍旧为明军所有。
正是在这个时候，孙可望、李定国等人率大西军向云南进发。为了进军顺利，他们先行派出不少间谍，在云南各地散布消息，说沐天波之妻焦氏家族为报仇，组织武装入云南。
这招很灵，特别是云南的汉族士庶，深恨沙定洲这种土酋谋叛，听闻焦氏部队要给沐家报仇，奔走相告，欢喜雀跃。大西军一路上基本没遇到像样的抵抗，在云南连占交水、曲靖等重城。而后，为避免直攻昆明受阻，他们大张旗鼓杀向沙定洲老婆万氏的老窝阿迷州（今云南开远）。
沙定洲上当，急撤楚雄之围，迎堵大西军。草泥关一战，云南土兵打不过大西军，沙定洲率残兵逃往老家蒙自，并下令手下退出昆明，齐保老巢。
这样一来，昆明被拱手让给了前来的大西军。顺治四年（1647年）四月二十四日，大西军入城。
大开城门之后，昆明城内的明朝巡抚吴兆元才明白过来，发现入城的根本不是沐天波妻子焦氏家族的队伍，而是昔日自己一直提心吊胆防备的“流贼”张献忠军队。
出乎意料的是，这支一直以杀人闻名的队伍一改常态，竟然严守军纪，不扰民，不抢劫，昆明士民安然如常，都觉得遇到了“人民”的队伍。
孙可望等人占据昆明后，四处发兵，既打沙定洲，也打沐天波。李定国一军连战连捷，已经打到阿迷州，沙定洲吓得要死。大西军正欲进攻阿迷州解决掉沙定洲，昆明和晋宁的明朝地方势力忽然闭城拒守。李定国怕腹背受敌，掉头转向，这才给了沙定洲苟延残喘的机会。
由于沐天波、杨畏知等人在滇西，孙可望不敢轻敌，亲自统兵攻打。禄丰一战，杨畏知不敌大西军，兵败，投水自杀未成。
孙可望与杨畏知同为陕西老乡，久闻其名，下马相拜：“我今来滇地，实为讨贼。如果您能与我共事，我当与您共扶明室，决无他意。”
杨畏知闻言，简直不敢相信自己的耳朵：大西“流贼”，真的能帮助恢复明朝？
再三劝说下，杨畏知心动，就与孙可望定下三条“基本”原则：第一，不能沿用伪大西年号；第二，不得杀人；第三，不得焚烧房屋，奸淫妇女。
孙可望一一答应。由此，迤西八府之地，免遭战祸。相比之下，李定国部大西军当时仍旧收不住手，在临安一地就杀人近十万，所过屠灭无遗。
有杨畏知牵线，人在永昌的沐天波很识时务，特别是孙可望“共扶明室”的许诺感动了他，他立刻派儿子前往大西军营中做人质，决定配合孙可望在云南平定沙定洲之乱。
甭说，沐天波一颗“黔国公”大印，抵上十万兵。孙可望等人在迤西广大地区不战而克，各地汉人、土司纷纷来归。到1648年夏天，云南全境基本平定，只剩下沙定洲困守阿迷州和蒙自地区。当然，代价是有的，大西四将之一的艾能奇在东川中伏，被土兵用毒箭射杀。
大局已定，孙可望开始自大。见李定国空手而返，孙可望怒斥他没能擒获沙定洲，当众杖击一百军棍，然后，下令他与刘文秀立刻出兵，擒获沙定洲赎罪。
憋了一肚子邪火的李定国率数万大军，在云南各地人民的积极支援下，一路奔驰，重新杀向蒙自、阿迷地区。最终，沙定洲连连后撤，死守天险佴革龙山。
佴革龙山易守难攻，但缺乏最要紧的东西——水。没有水，再有精兵良将和天险也没办法坚守。数日之后，穷蹙至极的沙定洲、万氏夫妇迫不得已，喉咙冒烟地下山投降。
李定国很会处理，余众皆安抚，只把沙定洲夫妇以及中高级官员数百人押至昆明。
从前沙定洲夫妇从昆明搬来的金山银山，如今又被搬回昆明。
十月秋凉，沙定洲与妻子万氏被押至昆明闹市剐杀。观刑的人非常多，特别是大西军人，都以为万氏是天姿国色。结果发现，她是个高颧黑皮吊睛丑八怪，众人皆哄堂大笑。
两个刽子手开始不紧不慢活剐沙定洲和万氏。二人号叫一天，方才气绝。这还没完，刽子手用刀割肉锉骨，最终把两个人身上的肉，一块一块地喂了狗。昆明百姓皆拍手称快。
仅仅过了三年“云南王”的瘾，沙定洲夫妇最后以身喂狗。
云南这块大基地、大后方，终为孙可望、李定国等人所得。他们悉心经营，最盛时（1650年左右），大西军能北出贵州、四川，东进两广、湖南，连败清军，大呈风起云涌之势。
一统云南之后，孙可望自称“平定王”，李定国为“安西王”，刘文秀为“抚南王”，仍以沐天波为“黔国公”。当时，南明的永历政权已经在肇庆建立，但并无诏旨发往遥远的昆明。
这时候，有前明官员巴结孙可望，劝他自为“国主”，以干支纪年，铸“兴朝通宝”钱，趁机割据自立。
杨畏知怒极，每次聚议时皆谩骂，惹得孙可望对这位老乡顿起杀心，但是，由于李定国、刘文秀的保护，孙可望一时不能杀他。
定则思乱，昆明城内，众人之间原本和睦的关系，逐渐出现裂痕。
但是，在近三年的时间内，云南全境大抵平静，孙可望等人既没与清军发生战斗，也没与南明永历政权有太多接触，处于一种相对封闭的状态。
1649年，孙可望派杨畏知等人赴肇庆奉表，请永历帝封自己为“秦王”，其表为短视的南明大臣金堡等人扣押。
见无回音，孙可望在1650年自称“秦王”，对外假称是永历帝敕封。
树欲静而风不止。西南波澜，马上就要平地而起。
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