另一个令人关心的问题是病毒亚型的问题，艾滋病毒是反转录病毒，会不断分离、复制、变异，造成不同的亚型，病毒从A至J，共有十个亚型，我实验室也找到亚型I。
至于为何有些地区流行亚型B，有些是亚型E，主要原因是当时在美国，被带入同性恋族群传染的是亚型B，以致美国目前百分之九十以上同性恋感染者是亚型B，但是所有的亚型都可在非洲找到，中非洲以亚型A、B为主，南非以亚型C为主。有关艾滋病毒从哪儿来，从很多科学研究的资料显示，艾滋病毒可能是起源于人类以外的灵长动物，最有可能的是黑猩猩；至于黑猩猩传到人类是多久的事，根据基因序列的研究，大约五六十年前。
大家会问为何不是二三百年前开始流行，而是五六十年前，主要原因是非洲人类与猿猴密切接触，五十、六十年代后，人口密度增加、移动，性行为改变如多重性伴侣情形，造成病毒快速流行，也就是社会状态的改变造成医学特殊现象的产生。
目前C亚型最严重 主要分布非南印度
白先勇：何博士刚才已经回答许多艾滋病各种亚型的问题，可否再进一步解释，为什么艾滋病B亚型在美国或西欧，以同性恋的人口较多；而A亚型及C亚型，则在异性恋者之间较容易传染，E亚型最近也到了亚洲，也是在异性恋者之间的传染比较快？
何大一：不同的亚型在不同的高危险群之间，有不同的分布比例，这有两个可能的原因。第一个是建立者的效应，谁先进到这个族群，谁的影响力就会比较大。美国是B亚型先传入，所以以B亚型多，泰国为E亚型先进入异性恋的族群，虽然也有B亚型，但大都在静脉毒瘾的患者之间。
目前世界上最严重的是C亚型，全世界约有百分之四十的艾滋病患者为C亚型，主要分布在非洲南部、印度、中国大陆西南省份等地方，这也有可能是建立者效应的关系。
第二是不同的亚型也可能会有不同的生物学特征及效应。有实验室研究显示，E及C亚型容易在异性恋之间传染，B亚型容易在同性恋的性行为及共用针头者间传染，不过这仍有争议存在。
陈宜民：台湾地区也有研究发现，八百四十几位艾滋病患者中，异性恋的患者，百分之五十为B亚型，百分之四十为E亚型，而同性恋或双性恋的艾滋病患者，大都是E亚型，占了百分之七八十。这是否是生物学的效应，因此有不同的感染，仍有待研究。
艾滋无法完全治愈 目前只能控制病毒
听众：有两个问题。第一，目前艾滋病并无根治、治愈的方法，请问何博士认为将来是否有治疗的良方？如果有，是什么时候？第二，鸡尾酒疗法并不是根治艾滋病的方法，而且会有抗药性，所以使用鸡尾酒疗法治疗的患者迟早会发生抗药性，也就是说，理论上愈早治疗的人会愈早有抗药性，这岂不是互相矛盾，所以到底何时该寻求治疗？
何大一：这两个都是很重要但很难回答的问题。目前治疗艾滋病的方法，是帮助患者控制病毒，抑制病毒的复制，患者可以存活很久，让免疫系统恢复健康，但并无法完全治愈艾滋病，主要的原因有二：
第一，目前的药物仍无法完全杀死艾滋病毒，可以抑制病毒的复制，但无法全部杀死。
第二，有些艾滋病毒复制得很快，但有些艾滋病毒是潜伏在人体的细胞中，如果杀死病毒，也杀死了细胞，岂不是玉石俱焚？何况有些细胞对免疫是很重要的。因此，比较希望的是细胞活化起来，再杀死艾滋病毒。
现在虽然尚未见到治疗艾滋病的“黑暗之光”，但见到隧道另一头的光亮是很有希望的，只是这条隧道究竟有多长，目前我们还不知道。
另外，听众关心艾滋病患者若太早用药，也会较早产生抗药性，其实患者从被病毒感染到发病，再到死亡，在这个过程中，艾滋病毒的复制是很快的，它不断在破坏免疫系统，因此抑制病毒的复制是愈早愈好，且一定要正确。
虽然担心抗药性的问题，但宁可早期治疗，保持身体免疫系统的健康，不要等到免疫系统全部遭到破坏了，再来修修补补的，希望增强免疫力。
艾滋病的研究进展非常迅速，目前有十四种治疗艾滋病的药物，且有更多的药物正在研发及申请上市，未来可以使用的药物会更多，可能很快就有二十多种可以选择，医师不会让艾滋病毒一直破坏患者的免疫系统，应该是先治疗，延续更长的生命，并期待将来有更多的新药可以治疗。这种早期治疗的观念，也适用于其他疾病，如癌症；艾滋病也一样，未来可以有更多的选择并保持免疫系统的健康。
听众：有两个问题：第一是如何加强免疫系统，预防好细胞变坏？第二，艾滋病的病原是黑猩猩，但它并不发病，是不是黑猩猩有什么抗体可以抵抗这种疾病？
何大一：人体的免疫力对抗艾滋病毒其实有效，只是还无法杀死全部的病毒。病毒不断在分裂、复制，免疫系统也在不断杀死病毒，只是杀死病毒的速度没有病毒复制的快。目前希望鸡尾酒疗法可以控制病毒的复制，进而杀死，但还有很多技术性的问题待突破。
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