见李定国连胜清军，孙可望也想露一手。
岔路口之战，孙可望遭到重创，被清军打得大败，奔返贵阳。清军大掠靖州、辰州、沅州等地，杀死平民数十万人，千里丘墟。至此，孙可望再不敢与清军争胜，只想保持割据一方的地位。
四川方面，孙可望派去的刘文秀一军在永历六年秋天连连取胜，最终把吴三桂等数部清军打得退守阆中。当时清廷已经下令，决定让清军放弃全川，退回陕西汉中一带，全保陕地。
可惜的是，刘文秀不知“穷寇莫追”之说，死缠烂打保宁城内的清军，孤城之下犯险，最终反被吴三桂孤注一掷的决死战法击败。结果，数万明军被杀，清军死里逃生不说，还实现了全面大翻盘，刘文秀率残军退回贵州。
本来就恨刘文秀与李定国穿一条裤子，孙可望抓住机会，削夺刘文秀兵权，把他发回昆明软禁。
保宁战斗结束后，身经百战的吴三桂感叹：“我生平交战无数，平生未遇如此劲敌！”富贵险中求，吴三桂为清朝又立全取四川的大功。
安龙方面，孙可望对永历君臣一直严加注意。其间，本为永历帝亲信的马吉翔，一直向孙可望投怀送抱。
马吉翔是北京大兴人，市井出身，本性狡黠，是个知书识字的高级地痞。他年轻时在北京给宫内太监家中当仆人，后为书办（太监的文字秘书），在太监圈子里人缘很好。后来，他跟随太监高起潜出外监军，窜入锦衣卫籍，获得都司之职，开始有了政治发迹的本钱，送银送物之下，被外派为广东都司。所以，北京甲申之变时马吉翔正在广东，逃过一劫。隆武帝在福建继位，马吉翔自陈原本是锦衣卫世家出身，获授锦衣卫指挥，冒升为皇帝身边的禁卫军高级首领。他奉命到湖南等地巡视时，玩命地巴结当地诸将，只要有鸡毛蒜皮的功劳，就要在奏表中放入自己的名字，于是连连升官，很快做到“总兵”。永历帝继位，马吉翔给新皇身边的人广送厚礼，得封文安侯。
由于马吉翔自小行走于太监门下，他深知巴结皇帝身边宦官的重要性，成日以小恩小惠刻意结交打点，使得宦官们心甘情愿为他当耳目。所以，永历帝的一举一动，他无不预知。由于善于迎合，十分乖巧，永历帝与其母特别喜欢这位马侯爷，认定他忠勤无比，让他掌握朝廷军政大权。
到了安龙，永历帝落地凤凰不如鸡，马吉翔自然要另攀高枝，遂与掌管禁卫军的太监庞天寿交结孙可望，想逼永历帝禅位孙可望，谋求大富贵。为此，他持白绫一幅以及数锭金元宝，找到善画的武选司郎中古其品画一幅《尧舜禅让图》，准备献给孙可望。
古其品人格高尚，愤怒拒绝。马吉翔为此向孙可望偷偷告状，古其品被孙可望抓去贵阳，活活打死。
为了凸显马吉翔和庞天寿二人的威权，孙可望特意向安龙发来指令，表示说朝廷大小机务，一概由二人秉持。如果有大臣“犯法”，也由二人全权处理。
永历帝渐知马吉翔对自己不忠，很想杀掉他与太监庞天寿，但慑于孙可望的势力，不敢轻易下手。马吉翔与孙可望手下大臣方于宣等人密切勾结，想改国号为“后明”，立孙可望为帝。
忧急之下，永历帝对亲信内监张福禄说：“孙可望无人臣之礼，奸臣马吉翔、庞天寿为其耳目，朕寝食不安。听说李定国精忠报国，军声大振，希望你们能把朕的密敕交予他，让他来救朕脱身虎口，脱离孙可望控制。”
内监张福禄对永历帝说，徐极、林青阳、胡士端等人一直疏劾马吉翔，可让他们想办法联系李定国。于是，林青阳以请假回家奔丧为名，前往李定国处联络。
马吉翔不久得知此事，即刻派人密告孙可望，说永历君臣已经联系李定国，准备“谋反”。孙可望大怒，立刻派亲信郑国率兵到安龙问罪。最后，牵引勾连，包括大学士吴贞毓在内，十八个大臣被尽数逮捕，判罪“欺君误国，盗宝矫诏”，皆处以死刑。
永历帝忧愤至极，也救不得人，眼睁睁看着十八个大臣被孙可望军人处死，这就是南明的“十八忠臣案”。
这些人虽然都是文士，皆慷慨悲歌，与朝臣纷纷赋诗作别，勉励说：“我们就这样去了，中兴大业，交与诸位。希望诸位忠于朝廷，切不可像马吉翔、庞天寿那样卖主求荣。能如此，我们虽死犹生！”言毕，诸忠臣引颈受戮。
十八忠臣既死，永历朝廷大权尽归马吉翔、庞天寿，完全成为贵阳孙可望的傀儡附庸。
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