十一月十六日早晨，忽然有清兵开门，声言“请瞿阁部、张大人议事”。
瞿式耜神色不惊，坦然自若，对来人讲：“稍等片刻，待我写完《绝命词》。”于是，他凝神静气，提笔写道：
从容待死与城亡，千古忠臣自主张。
三百年来恩泽久，头丝犹带满天香！
然后，瞿式耜、张同敞二人整肃衣冠，向南行五拜三叩头之礼（辞帝之礼），把诗稿置于几案之上，携手同步，走出门去。
行至门外，瞿式耜笑对张同敞说：“我二人多活了四十天，今日，真是死得其所！”
张同敞振作精神，大声言道：“快哉此行！我死后当为厉鬼，为国杀虏击贼！”说着，他从怀中掏出珍藏的网巾戴于头上，“服此于地下见先帝”！
行至桂林城北叠彩山，瞿式耜眺望满目风光，对刽子手说：“我生平最爱山水佳景，此地颇佳，可以去矣！”刽子手们心怀敬畏，战战兢兢举起大刀行刑……
据瞿元锡记述，“顷刻雨骤风驰，当空震雷三声”，桂林城靖江王府内的孔有德大骇。城内人民，闻之惊悼，无不泪下掩泣。
广州、桂林两个省城陷落，闻知消息，人在梧州的永历帝肝胆俱裂，慌忙登船，向南宁方向逃奔。
途经浔州，南明的庆国公陈邦傅见大势不好，很想劫持永历帝以为奇货而降清。永历帝逃跑受惊，第六感高度发达，他趁大雨滂沱之际，命令船工冒雨划船，冲险而过。
由于害怕南宁方向高一功的“忠贞营”，陈邦傅没敢追永历帝。挑来选去，他就佯装议事，带兵攻袭近在永安的明朝宣国公焦琏，亲自杀掉无备的老同事，手捧焦将军的脑袋当作“见面礼”，向孔有德投降。焦琏将军历经无数血战，不料竟死于无耻小人之手。
然后，陈邦傅自告奋勇，主动请缨当先锋，要为清军当向导，杀往南宁。
孔有德心中对陈邦傅很是轻蔑，他看中的是陈邦傅手中的“平蛮将军”大印，因为这个大印在广西境内对那些少数民族土司十分管用。得到大印后，孔有德派人把这个叛将软禁在桂林，连官也没有给他一个。日后，李定国攻入桂林，把这个叛贼押送贵阳闹市，剥皮后凌迟处死。
瞿式耜死后，广东、广西大部分地区，皆遭攻陷。
永历朝廷，风雨飘摇，狼狈不堪。
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